Persona 5 gaat over de conflicten binnen en buiten een groep van middelbare scholieren die een dubbel leven leiden als Phantom Thieves.

Ze leiden een typisch dagelijks leven van een student in Tokyo, ze gaan naar hun lessen, naschoolse activiteiten en bijbaantjes. Maar ze beleven ook bizarre avonturen door hun krachten te gebruiken om iemands hart te betreden. Hun kracht komt van de Persona.

De helden van de game beseffen dat de maatschappij mensen dwingt een masker te dragen om hunzelf te beschermen. Door deze maskers te verwijderen en mensen te confronteren met hun innerlijke zelf leren de helden hun krachten te beheersen en het te gebruiken voor mensen te helpen.