Into the Nexus begint met Ratchet en Clank die de twee schurken Vendra en Neftin Prog naar een locatie die bekend staat als de Vartax Detention Center vervoeren. Deze reis brengt ons favoriete lombax-en-robot duo naar spokende ruimte. Tijdens het vervoer weten de twee schurken echter te ontsnappen aan Ratchet en Clank. Dit laat Ratchet en Clank alleen en gestrand in de engste sector van de ruimte.