De Verenigde Staten is in twee derde van de wereld militair actief. Een groep van 12 man heeft er genoeg van en stellen een ultimatum in genaamd The Blacklist. Een serie Vernietigende terroristen voert aanvallen uit op de Verenigde Staten uit name van The Blacklist.

Sam Fisher is de leider van de nieuwe Fourth Echelon eenheid. Fourth Echelon is op papier een niet bestaande eenheid die zijn orders direct aanneemt van de president. Lukt het Sam Fisher en zijn team the blacklist countdown te stoppen℃