Lost Song heeft een compleet nieuwe verhaal welk zich vooral afspeeld in Svart Alfheim, een nieuw gebied van Alfheim Online dat bestaat uit een serie van zwevende continenten dicht bij de World Tree. De game begint na de Fairy Dance arc uit de Anime. Kirito'sgroep arriveerd bij een nieuwe hub stad waar ze de guild Shamrock tegen komen. De leider van de guild is Sumeragi, maar het bekendste lid is Seven, in de echte wereld Professor Nanairo Sharvin, een specialist in onderzoek naar virtuele samenlevingen die ontstaan binnen online netwerken. Doordat Kirito de Rainbow Arshavin tegenkomt word de wereld van Alfheim in beweging gezet en start een nieuw avontuur.